Kanuni Sultan Süleyman’ın eniştesi olan Çoban Mustafa Paşa tarafından yaptırılan tarihi yapı zaman içinde birkaç kez restorasyondan geçti.
17 Ağustos 1999 tarihindeki büyük deprem felaketinde ise caminin minaresi yıkıldı daha sonra ise aslına uygun olarak yeniden onarıldı.
Dönemin mimarbaşı Acem Ali tarafından yapılan tarihi yapının Mimar Sinan tarafından inşası sırasında birkaç kez ziyaret edildiği tarihi kaynaklarda geçmektedir. *Cengiz Akgün
496 yıldır ayakta
Gebze’nin en önemli tarihi yapısı olan Çoban Mustafa Paşa Cami ve Külliyesi 496 yıldır ayakta.